Científicos del IRB Barcelona y el BSC publican la biblioteca más grande del mundo de proteínas en movimiento para la industria farmacéutica

Después de cuatro años intensivos de cálculos en el supercomputador MareNostrum del Barcelona Supercomputing Center (BSC), científicos liderados por Modesto Orozco desde el Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona han presentado la base de datos de proteínas en movimiento más extensa del mundo. La nueva videoteca llamada MoDEL recoge más de 1.700 proteínas y está parcialmente accesible desde Internet para investigadores de cualquier país del mundo.

"Hoy estamos diseñando los fármacos como si las proteínas contra las que deben actuar fueran estáticas y eso es una causa muy importante de fracaso en el desarrollo de nuevas terapias farmacéuticas, porque simplemente no es realista. Con MoDEL se resuelve el problema porque ofrece al usuario de 10.000 a 100.000 fotos por proteína, lo que les confiere movimiento y permite ser más acurado en el diseño de fármacos", explica Modesto Orozco. Orozco es jefe de grupo en el IRB Barcelona en modelización molecular y bioinformática, director del programa de Ciencias de la Vida del BSC y catedrático de la Universitat de Barcelona.

Según el investigador, varias empresas farmacéuticas ya están utilizando la estrategia de MoDEL para desarrollar los primeros medicamentos contra el cáncer y enfermedades inflamatorias, que podrían salir a la luz este mismo año.

Un proyecto en crecimiento

Los científicos que desarrollan modelos se basan en el catálogo mundial de estructuras estáticas de proteínas (aproximadamente 40.000) llamado Protein Data Bank (PDB). "1700 vídeos de proteínas de las 40.000 que hay en PDB podría parecer una parte reducida, pero muchas de las estructuras de PDB son casi iguales. Por tanto, según criterios de similitud establecidos internacionalmente, estamos representando cerca del 40% de las proteínas con estructura conocida".

Pero el dato más relevante es que MoDEL está cubriendo hoy más de un 30% de las proteínas humanas que tienen un interés farmacológico, es decir, que son la diana potencial de un nuevo fármaco. "Este dato lo obtenemos a través de un test muy estricto pero consideramos que estamos cubrimos más. Sin embargo MoDEL seguirá creciendo y lo podremos hacer más rápido porque tenemos el sistema bien establecido". El objetivo prioritario es centrarse ahora en proteínas relevantes en enfermedades humanas y en un plazo de entre dos y tres años, cubrir el 80% de las diana de farmacéuticas.

Para llevar a cabo el proyecto modelo, Orozco y su grupo de investigadores cuentan con recursos provenientes del IRB Barcelona, el BSC, la Fundación Marcelino Botín, la Fundación Genoma España, el Instituto Nacional de Bioinformática y diferentes proyectos europeos.

• ARTÍCULO DE REFERENCIA: MoDEL (Molecular Dynamics Extended Library): A database of atomistic molecular dynamics trajectories. Autores: Tim Meyer, Marco D'Abramo, Adam Hospital, Manuel Rueda, Carles Ferrer-Costa, Alberto Pérez, Oliver CarrilloJordi Camps, Carles Fenollosa, Dmitry Repchevsky, Josep Ll. Gelpi i Modesto Orozco. Structure (Nov. 10 print issue, 2010).